關于“地上無房屋，包括建筑物、構筑物及在建工程的國有土地使用權設定抵押，是否適用《城市房地產抵押管理辦法》”這一問題，需要從法律體系、抵押標的物性質以及相關法規的適用范圍等多個層面進行綜合分析。

從法律依據的層級與適用范圍來看，《城市房地產抵押管理辦法》（以下簡稱《辦法》）是由原建設部根據《中華人民共和國城市房地產管理法》、《中華人民共和國擔保法》等法律制定的部門規章。其名稱和立法目的明確指向“城市房地產”的抵押管理。根據該《辦法》第三條的規定，本辦法所稱房地產抵押，是指抵押人以其合法的房地產以不轉移占有的方式向抵押權人提供債務履行擔保的行為。這里的關鍵在于對“房地產”的理解。

對“房地產”概念的界定是核心。在我國法律實踐中，“房地產”一詞通常指房產與地產的統稱，二者在物理形態和法律權利上緊密關聯，即“房隨地走、地隨房走”的原則。這并不意味著土地和房屋在任何抵押情形下都必須捆綁。《辦法》所規范的“房地產抵押”，其抵押物應當是完成了房屋建設、具有合法權屬證明的房地產整體，或者是在建工程（屬于《辦法》第三章特別規定的范疇）。當抵押標的物僅為“干凈”的國有土地使用權（即地上無任何建筑物、構筑物及在建工程）時，該標的物的法律屬性是單一的土地使用權，而非“房地產”復合體。

針對純粹土地使用權的抵押，我國有更直接和專門的法律規定進行規范。根據《中華人民共和國城鎮國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》以及《中華人民共和國物權法》（現已被《中華人民共和國民法典》吸收整合）的相關規定，土地使用權可以單獨設定抵押。其抵押權的設立、登記、實現等，主要遵循《民法典》物權編關于抵押權的一般規定，以及國家關于土地登記的相關法規（如《不動產登記暫行條例》及其實施細則）。不動產登記機構在實踐中對此類抵押的登記審查，其直接依據也是土地管理及不動產登記方面的專門規定。

因此，綜合判斷：

1. 原則上不直接適用：對于地上完全沒有房屋（包括建筑物、構筑物）及在建工程的“干凈”國有土地使用權的抵押，其法律關系的核心是土地使用權的用益物權抵押，而非《城市房地產抵押管理辦法》立法意圖所重點規范的、與房屋緊密關聯的房地產抵押。此類抵押的設置與管理，主要依據《民法典》、《土地管理法》、《城鎮國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》以及不動產登記相關法規，而非《辦法》。

1. 可能存在參照適用：盡管不直接適用，《辦法》中關于抵押登記程序、抵押合同內容等部分具有普適性的管理規定，在專門法律法規未作詳盡規定且不相沖突的情況下，在實踐中可能被登記機關或當事人作為操作層面的參考。但這屬于法理上的參照或借鑒，而非法律強制適用。

1. 在建工程是分水嶺：需要特別強調的是，如果土地上有“在建工程”，則情況完全不同。《辦法》第三章專門對“在建工程抵押”作出了明確規定。一旦涉及在建工程抵押，則必須適用《辦法》的相關特別規定。因此，問題中“包括……在建工程”的表述需要厘清：若抵押時標的物包含在建工程，則適用《辦法》；若抵押時明確排除在建工程，僅為土地使用權，則不適用。

結論：地上無任何房屋、建筑物、構筑物及在建工程的“干凈”國有土地使用權設定抵押，其主要法律依據并非《城市房地產抵押管理辦法》，而是《中華人民共和國民法典》、《中華人民共和國土地管理法》及土地使用權出讓轉讓相關法規。此類抵押活動應在不動產登記機構依法辦理土地使用權抵押登記，并遵循土地抵押的專門規定。